El Centro
Equipamiento de genética
© Antoni Costa
Sala Blanca para Genética y Biología Molecular
aplicaciones
Espacios controlado y diseñado para llevar a cabo procedimientos sensibles en condiciones estériles y libres de contaminantes; principalmente para técnicas que requieren alta precisión y pureza, como el manejo y amplificación de muestras ambientales (eDNA y metabarcoding)
descripción
Entorno altamente controlado donde se regulan la temperatura, humedad y flujo de material y personas para minimizar el riesgo de contaminación
características principales
- Superficies estériles: Materiales de construcción no porosos y fáciles de desinfectar para evitar la acumulación de microorganismos.
- Zonificación: Dividida en áreas de preparación, manipulación y almacenamiento, con diferentes niveles de restricción según el nivel de limpieza requerido.
- Uso de equipos específicos: Accesorios como cabinas de flujo laminar, campanas de bioseguridad y herramientas automatizadas para reducir la exposición al ambiente.
Secuenciador de fragmentos largos (Promethion P2 SOLO de Oxford Nanopore)
aplicaciones
Secuenciación de fragmentos largos de ADN y ARN
descripción
El PromethION P2 es un secuenciador de tercera generación que permite secuenciar gigabases de datos en poco tiempo sin amplificación del material
características principales
- Capacidad de 2 flowcells trabajando de manera independiente o en paralelo (versión R9.4.1 o R10.4.1).
- Longitud de lectura: de 20 bases hasta <4 millones de bases.
- De 50GB hasta más de 200Gb de datos según el tamaño de las secuencias y de la versión.
- Se pueden multiplexar hasta 96 muestras.
- Se puede modificar la duración de un “run”.
Secuenciador de fragmentos cortos (NextSeq1000 de Illumina)
aplicaciones
Diseñado para la secuenciación masiva paralela, permite realizar análisis de genomas completos, transcriptomas, y estudios de metagenómica.
descripción
Sistema de secuenciación por síntesis que emplea tecnología de lectura corta de Illumina para ofrecer alta precisión y flexibilidad
características principales
- Alta capacidad para proyectos pequeños y medianos.
- Genera datos de alta calidad con un tiempo de corrida reducido.
- Fácil integración con flujos de trabajo bioinformáticos.
- Compatible con múltiples aplicaciones: RNA-Seq, WGS, y epigenómica.
- Reducción del costo por base en comparación con otros sistemas.
Electroforesis capilar (Fragment Analyzer 5200 de Agilent)
aplicaciones
Control de calidad de ácidos nucleicos (ADNg, ARNm, librerías NGS, PCR, etc.)
descripción
El Fragment Analyzer es una tecnología de electroforesis capilar que permite realizar un control de calidad de los ácidos nucleicos
características principales
- Análisis de 12 muestras/run (uno es usado para el Ladder).
- Volumen de muestra: 2µl.
- Tiempo medio: 1 h/run.
- Resolución hasta 2bp.
- RNA Quality Number (RQN) puntúa rápidamente la integridad del ARN total.
- Diferentes kits disponibles (NGS, Large Fragment DNA, RNA…).
Biomark X9 System for High-Throughput Genomics
aplicaciones
Plataforma de alta capacidad para la cuantificación precisa de ADN, ARN y proteínas en estudios de expresión génica, genotipificación, epigenética y análisis de biomarcadores en diversos campos, incluida la ecología molecular, agrogenómica, farmacogenómica, detección de patógenos o especies invasoras, etc.
descripción
Sistema avanzado de microfluídica que permite realizar análisis genómicos de alta resolución y con multiplexado. Combina eficiencia, precisión y escalabilidad en un solo equipo. Permite hacer, en una sola placa, multiplexados de 48×48 o 96×96 (muestras x pares de cebadores o sondas) y, de ser necesario, la separación posterior de las mismas para la elaboración de librerías Illumina.
características principales
- Alta capacidad: Compatible en sets de 48 o 96 muestras y hasta 9216 reacciones en una única corrida, ideal para estudios masivos.
- Tecnología de microfluidos: Permite reducir el consumo de reactivos, optimizando costos y tiempos.
- Alta sensibilidad: Detección precisa incluso de moléculas en bajas concentraciones, ideal para estudios con ADN ambiental (eDNA) y muestras limitadas.
- Software avanzado: Incluye herramientas integradas para análisis de datos, generación de gráficos y manejo de grandes datasets.
- Automatización: Reducción de errores humanos mediante sistemas automatizados de preparación de muestras y análisis.
- Integración fluida: Compatible con bases de datos genómicas y flujos de trabajo bioinformáticos estándar.
Digital (QuantStudio Q de Applied Biosystems)
aplicaciones
Cuantificación precisa de moléculas de ADN y ARN en estudios de expresión genética, detección de mutaciones y análisis de copia de genes
descripción
Método de PCR que particiona las muestras en miles de reacciones individuales para mejorar la sensibilidad y precisión
características principales
- Detecta y cuantifica moléculas con precisión absoluta.
- Alta sensibilidad para detección de variantes raras.
- Menor interferencia por inhibidores de PCR.
- Ideal para estudios clínicos y ambientales.
Molino criogénico (Cryomill de Retsch)
aplicaciones
Molienda de múltiples muestras biológicas a -196°C utilizando nitrógeno líquido
descripción
El Cryomill permite moler una variedad de muestras biológicos (e.g. tejidos de animales o plantas). El nitrógeno líquido se suministra continuamente para mantener la temperatura a -196°C. Esa temperatura permite moler en fino polvo incluso muestras complicadas (madera, hueso, muy poco material, etc.) y permite proteger al ADN y el ARN para extracciones de alta calidad
características principales
- Análisis de 6 muestras/run.
- Frecuencia de vibración de hasta 30Hz.
- 3 opciones de molienda: criogénica, seca/húmeda y temperatura ambiental.
Fragmentador de ácidos nucleicos (MegaRuptor 3, de Diagenode)
aplicaciones
Fragmentación de ADN para preparación de bibliotecas en secuenciación de tercera generación y genómica estructural
descripción
Equipo especializado en generar fragmentos de ADN de tamaños definidos, ideal para proyectos con tecnologías de PacBio y Oxford Nanopore
características principales
- Capacidad de fragmentar ADN de manera uniforme desde 2 kb hasta 75 kb.
- Sistema cerrado para minimizar contaminación cruzada.
- Alta reproducibilidad entre corridas.
- Compatible con muestras de ADN de alta y baja concentración.
Sonicador de ácidos nucleicos (BioRuptor Pico de Diagenode)
aplicaciones
Disrupción celular, fragmentación de ADN/ARN, y sonicación de muestras para preparación de bibliotecas
descripción
Sistema ultrasónico que utiliza energía de baja intensidad para fragmentar ácidos nucleicos de forma precisa
características principales
- Fragmentación uniforme en rangos de 150–500 pb.
- Adecuado para múltiples muestras simultáneamente (hasta 16 tubos).
- Control de temperatura integrado para evitar degradación.
- Compatible con aplicaciones como ChIP-Seq y metagenómica.
Sistema de selección de ADN por tamaño (BluePippin, de Sage Science)
aplicaciones
Separación precisa de fragmentos de ADN por tamaño, utilizado en la preparación de bibliotecas para secuenciación de tercera generación
descripción
Sistema automatizado que utiliza electroforesis para seleccionar fragmentos de ADN de tamaño específico
características principales
- Compatible con fragmentos de hasta 50 kb.
- Ideal para aplicaciones como PacBio y Nanopore.
- Alta resolución y rendimiento reproducible.
- Configuración sencilla con cartuchos preinstalados.
Robot de pipeteo (Assist Plus de Integra)
aplicaciones
Automatiza protocolos de pipeteo para experimentos de alto rendimiento en genómica y preparación de biblioteca
descripción
Sistema robotizado que permite realizar tareas de pipeteo con alta precisión y sin intervención manual constante
características principales
- Compatible con diferentes formatos de placas (96/384 pozos).
- Ajustes para trabajar con diferentes viscosidades de líquidos.
- Configuración sencilla e intuitiva para protocolos personalizados.
- Aumenta la reproducibilidad al minimizar errores humanos.
Campana PCR UVC/T-AR de BioSan
aplicaciones
Protección de muestras durante reacciones de PCR y minimización de contaminación cruzada
descripción
Campana equipada con luz UV para descontaminación y ambiente estéril durante la manipulación de muestras
características principales
- Lámparas UV integradas para descontaminación antes y después de su uso.
- Ventilación controlada para reducir aerosoles y partículas.
- Diseño ergonómico y compacto.
- Adecuado para PCR y trabajo con ácidos nucleicos.
Cabina de flujo laminar (H120 de Alpina)
aplicaciones
Creación de un ambiente libre de contaminantes para la manipulación de muestras sensibles en genómica y microbiología
descripción
Cabina con flujo de aire laminar unidireccional que protege las muestras de contaminantes externos
características principales
- Filtros HEPA para garantizar aire estéril.
- Diseño compacto y bajo consumo energético.
- Iluminación LED interna para facilitar el trabajo.
- Paneles transparentes para una visualización óptima.
Cámara de descontaminación UV-C, de Purion
aplicaciones
Esterilización rápida de equipos y materiales de laboratorio, incluyendo pipetas y herramientas moleculares
descripción
Cámara cerrada con lámparas UV-C para eliminar microorganismos y contaminantes del laboratorio
características principales
- Tecnología UV-C de doble lámpara para mayor eficacia.
- Capacidad para esterilizar múltiples objetos simultáneamente.
- Temporizador ajustable según las necesidades del usuario.
Espectrofotómetro (NP80 Mobile de IMPLEN)
aplicaciones
Cuantificación de ácidos nucleicos y proteínas, y evaluación de pureza en muestras de ADN, ARN y proteínas
descripción
Espectrofotómetro para mediciones rápidas y confiables en laboratorio
características principales
- Amplio rango de detección de concentraciones.
- Interfaz táctil intuitiva y conectividad móvil.
- No requiere reactivos adicionales (microvolúmenes).
- Alta precisión con tecnología de haz de luz directo.
Fluorímetro (Qubit Flex, de Invitrogen)
aplicaciones
Cuantificación precisa de ADN, ARN y proteínas mediante métodos fluorescentes en estudios moleculares
descripción
Equipo diseñado para medir concentraciones bajas de biomoléculas utilizando sondas fluorescentes específicas
características principales
- Alta sensibilidad, especialmente en concentraciones de ADN/ARN bajas.
- Hasta 8 muestras simultáneas para mayor eficiencia.
- Interfaz digital amigable y conectividad a bases de datos.
- Compatible con kits Qubit para diferentes tipos de análisis.
ThermoMixer C de Eppendorf
aplicaciones
Incubación y mezcla simultánea de muestras para optimizar reacciones moleculares como PCR, digestión enzimática y preparación de bibliotecas
descripción
Equipo versátil que combina funciones de mezcla y control de temperatura en un único dispositivo
características principales
- Rango de temperatura amplio (de 4°C a 100°C).
- Adaptadores intercambiables para diferentes tipos de tubos y placas.
- Mezcla homogénea con velocidad ajustable.
- Pantalla digital intuitiva para programar y monitorear experimentos.
Sistema de imagen de gel (GelDoc Go de BioRad)
aplicaciones
Captura de imágenes de geles de electroforesis para análisis de ADN, ARN y proteínas
descripción
Sistema compacto diseñado para documentar y analizar bandas fluorescentes o teñidas en geles
características principales
- Compatible con colorantes fluorescentes y no fluorescentes (EtBr, SYBR, etc.).
- Interfaz fácil de usar con software integrado para análisis.
- Resolución de imagen de alta calidad.
- Diseño compacto y eficiente para laboratorios con espacio limitado.
Termocicladores 94/384 pocillos (Biometra TAdvanced de Analytik Jena)
aplicaciones
Amplificación por PCR e incubación
descripción
Este termociclador permite amplificación por PCR. Tenemos un módulo para placas de 96 y 384 muestras
características principales
- Bloques de aluminio.
- Se pueden usar tubos de 0,2ml, strips de 8 tubos y placas de 96 o de 384 muestras.
- Rango de temperatura: 4°C hasta 99.9°C.
- Tiene función gradiente entre 20°C hasta 99°C.
- Precisión: +/- 0.1°C.
Centrífugas refrigeradas (5418R y 5430R de Eppendorf)
aplicaciones
Centrifugado a temperatura ambiente y en frio
descripción
Manejo de muestras en tubos de diferentes tamaños y placas con rotor basculante
características principales
- Rotores para hasta 48 tubos de 1,5/2ml de fondo cónico
- Rotores para dos placas MTP con rotor basculante
- Funcionamiento opcional a 4ºC y hasta 17.500 rpm (30.130 g)